BT种子内的文件是按固定大小的分块组织的。若一个BT种子中包含多个文件，那么很大可能两个文件连接处的数据处在同一个分块内。这样用户在进行选择下载时容易出现99.9%的问题。现在BitComet 0.86版推出的“文件分块对齐”，可以解决两个文件连接处的数据处在同一个分块内的问题，从而彻底避免了99.9%下载不完的问题。
BitComet新版本会自动支持“文件分块对齐”这个特性，不会造成任何多余的数据传输。低版本BitComet用户或者其他不支持文件分块对齐的BT客户端在下载带有“文件分块对齐”特性的种子时，仍然能够正常下载，只是会出现填充分块的padding_file，因而增加了下载的文件大小。建议升级到BitComet最新版下载此类种子文件。
BitComet制作种子，“文件分块对齐”项：
低版本BitComet的padding_file：
